台灣光復初期，本縣畜牧事業因瘟疫猖獗，安全上毫無保障；鑑於繁榮農業經濟，必先發展畜牧產業，而健全畜牧 產業，必先強化家畜禽防疫工作。
民國39年，為辦理家畜防疫工作，在農復會及農林廳補助下，在縣府內籌設家畜疾病診斷所，工作人員3名，由畜產股人員兼任。
民國42年，僱用家畜防疫人員12人成立家畜防疫隊，辦理兔化豬瘟疫苗全面預防注射工作。
民國52年3月5日奉省府人丙字第5582號令，核定名為彰化縣家畜疾病診治所，由建設局畜產課現有人員兼任。
民國53年8月，為配合需要擴大業務，由縣府配合 農復會，在彰化市南興里中山路23-2號建家畜診治所大樓。
民國56年5月30日奉省府人丙字第32356號令，改 名為彰化縣家畜疾病防治所，設專任職員從事家畜防疫工作。
民國68年10月因開闢高速公路交流道之故，本所拆遷至彰化市南興里雲長路148號繼續辦公。
民國72年10月新建辦公廳舍竣工遷移新址辦公。
民國89年1月26日，奉89彰府人一字第17803 號令核定改制名為彰化縣動物防疫所，設置4課，員工33人。
民國100年隨著動物保護意識抬頭，民間動保團體增加、規模擴大，本所增設動物保護課，並增加4名正式編制員額。
民國101年為健全機關組織，提昇人事服務效能，修訂本所組織規程及編制表，增置人事管理員1人，並刪減辨事員及兼任人事管理員1人。
民國103年為辦理本縣流浪狗中途之家（員林）及新設「可愛動物教育園區」管理工作及動物保護等相關業務，本所新增1名獸醫師及2名約聘獸醫人員、6名臨時人力編制支應相關業務，以提升本縣流浪犬貓認領養率及落實寵物登記、飼主責任教育等工作。（因可愛動物教育園區尚未完成，6名臨時人力未進用） 。
民國112年3月修訂本所組織規程，調整本所課室為豬禽防疫課、草食暨檢驗課、獸醫藥政課、動物保護課、寵物管理課。
